Центр Вишеградских исследований был создан в Институте Европы РАН в 2006 году, с приходом на работу специалиста по региону – д.и.н. Шишелиной Л.Н. Постепенно Центр стал пополняться новыми сотрудниками, которых на сегодняшний день трое, а также привлекать к научной работе над проектом исследователей из других институтов Российской академии наук и не только.
Известность центру принесла выпущенная в 2010 году издательством «Весь мир» монография «Вишеградская Европа: откуда и куда? Двадцать лет по пути реформ в Венгрии, Польше, Словакии и Чехии». Эта книга – стала вторым изданием в мире, посвященной Вишеградской четверке.
В институте Европы продолжилась история постоянно действующей международной научной конференции «Россия и Центральная Европа в новых геополитических реальностях», основанной Л.Н.Шишелиной в 1994 г. во время ее работы в ИМЭПИ РАН. Постепенно ее дополнили и круглые столы с участием коллег из стран Центральной Европы и Балтии, посольств центральноевропейских стран в Москве.
С 2012 года Центром под редакцией Л.Н.Шишелиной выпускалось ежегодное приложение к журналу Института Европы РАН «Современная Европа» под названием «Вишеградская Европа», а с 2019 года самостоятельное издание «Вишеградская Европа/Центральноевропейский журнал».
Центр активно контактирует с российскими учеными, занимающимися схожей проблематикой, экспертами по Польше, Венгрии, Словакии и Чехии, а также развивает деловые отношения с зарубежными партнерами. Центром ежегодно проводятся масштабные международные научные конференции, связанные с актуальной тематикой изучаемого региона, многочисленные круглые столы и презентации докладов и других изданий не только в России, но и в странах Центральной Европы.
Вишеградский центр не ограничивает свои исследования исключительно рамками регионального образования В4. Сотрудники изучают центральноевропейский регион, образуемый этими странами, в его историческом, культурном, социально-политическом, хозяйственно-экономическом многообразии; как часть Европейского союза и евроатлантической интеграции, и как моста между двумя цивилизационными проектами – западным и восточным; в единстве региональных и совокупности национальных интересов.